ダブルクロス基本ルールブック記載の各組織は以下のように変更される

ＵＧＮ―少女を導く、希望の灯火
 ＵＧＮは『魔法大戦』ステージにおいてはUltimate Girls Networkと称する『魔法』を使うことに長けた異世界の国家とする。日本及び世界に直接干渉することは殆ど無いが、『魔法』の緩やかな認知と、『魔法少女』を正しく導くために世界中のいくつかに支部を築いており、“使い魔”と呼ばれるメッセンジャーを各地に送り活動している。
　一般には地図にもない小国と公表しており、日本では、霧谷雄悟と名乗る紳士が非公式大使として活動している。　尚、『魔法大戦』ステージにおいてはＵＧＮチルドレンは魔法の国からやってきた留学生／エージェントという扱いとする。彼らは魔法に関して優れた知識と技術を有するが、全く知らない土地へ赴いているため、往々にしてステージ内では不案内であり、常識や文化風習に類する知識が足りないことが多い。ただし、このことでルール的なペナルティをうけるわけではない。

ファルツハーツ―悪意の種を育む者
　ファルスハーツは、ＵＧＮ及びＰＣ以外には、公的には認知されていない組織とする。全世界で存在が確認されているが、どの程度の規模で、どのように活動しているのかは、
一切分かっていないものとする。困った場合はセッションの都合が良いようにＧＭが自由に設定して良い。
　ただ、わかって居ることは『魔法少女』適応者を積極的に探し出し強行的な手段も含めて覚醒を促していること、覚醒した『魔法少女』を様々な手段でファルスハーツに勧誘していることである。
　彼らは、月面に公式に存在しない拠点を有しており、そこで生成されたとされる“ブラックドロップ”と呼ばれるレゲネイドを強制的に覚醒させる物質を用る。この物質は副作用として
服用者のネガティブな感情をも活性化させてしまい。多くの場合、絶望の種子を抱え込んでしまい、長じてジャーム化すことが解っている。
　彼らの中には『魔法少女』こそ選ばれた存在であるとし、衝動を解放することで更なる高みに至れると公言するものもいる。事実、彼らの中には積極的に自らをジャーム化しているものもいる。目的のためには魔法少女及び一般人の利益を侵害することを厭わないため、魔法少女は彼らと闘わざるを得ない。
　
ゼノス―未知なる異邦人
　ゼノスと呼ばれる組織はファルスハーツ以上に秘密のベールに包まれている。
“使い魔”(レゲネイドビーイング)と呼ばれる『魔法少女』を産み出し、手助けをする人間外種族が集うコミュニティと呼ばれている。
現在は、ＵＧＮと比較的友好的関係を結んでおり、情報交流や魔法少女達のサポートにあたっている
　もっとも、彼らが何故、UGN或いは魔法少女達に力を貸すのかすら分かっていないのが現状である。

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